Сильвестр начинал свою карьеру в клубе «Ренн» в сезоне 1995-1996. Со
временем он стал основным защитником этого клуба, проведя за него 47
матчей.
В 1998 году Сильвестр перешел в итальянский «Интер», за
который в дебютном сезоне отыграл 24 матча и забил 1 мяч. 10 сентября
1999 года за сумму в 3,5 миллиона фунтов Микаэль подписал контракт с
манкунианцами, и уже очень скоро оправдал возложенные на него надежды,
став надежным и постоянным игроком основы «Юнайтед».
В сезоне
2000-2001 Сильвестр стал играть на левом фланге обороны, и за свою игру
постоянно удостаивался высоких оценок со стороны специалистов. В этом же
году он впервые был призван под знамена сборной Франции. Дебютировал в
составе трехцветных он 27 февраля 2001 года, заменив Десайи в
товарищеском матче против сборной Германии. Тот сезон закончился
триумфом для МЮ, которые завоевали чемпионский титул. Сильвестр отыграл в
нём более 40 матчей.
Сезон 2002-2003 Сильвестр провел на
высочайшем уровне. В связке с Рио Фердинандом в центре обороны, куда он
вернулся после небольшого перерыва, он действовал очень уверенно и вновь
стал чемпионом Англии, а его команда при этом пропустила меньше всех
мячей.
Со следующих сезонов Сильвестру постоянно приходилось
сталкиваться с новыми приобретениями манкунианцев, и поэтому он часто
оставался на скамейке запасных. Контракт Микаэля с клубом действовал до
2009 года. Несмотря на это, в августе 2008 года Сильвестр перешел в
«Арсенал».